Es el segundo municipio del departamento de Amazonas, tanto en importancia como en extensión. Está situado a orillas del río Loretoyaco, a 87 km de Leticia, la capital departamental, y a 1240 km de Bogotá (la capital del país) Tiene una altitud de 159 msnm, registrando una temperatura media de 30ºC.

Puerto Nariño, es conocido como el "Pesebre Natural de Colombia". Está ubicado a orillas del río Loretoyaco, afluente del Amazonas, en medio de la selva húmeda tropical.

El encanto natural procede de la paz y el aire puro que se respira en el municipio, donde está prohibido utilizar vehículos motorizados, por disposición del Concejo Municipal.

El municipio de Puerto Nariño tiene una vocación eminentemente ecoturística y en su jurisdicción está ubicado el Lago Tarapoto, hábitat natural de los delfines rosados del Amazonas, especie única en el mundo.

Fundado el 18 de agosto de 1961 por el doctor Jose Humberto Espejo Hernandez , inicialmente fue un corregimiento, denominado Puerto Espejo, nombre que más adelante fue cambiado por la actual denominación. Debido al crecimiento demográfico, fue elevado a la categoría de municipio el 18 de enero de 1984.

Puerto Nariño tiene una extensión total de 1876 kmª. Limita al norte con el Corregimiento de Tarapacá, al sur con el río Amazonas y el Perú, al occidente con el Perú y al oriente con Leticia. Dentro de su jurisdicción se encuentra el lago de Tarapoto, lugar del habitat del Delfín Rosado.