Estos Suelos pertenecían a los indios Chimilas y Malibues quienes tenían costumbres y tradiciones diferentes a las de hoy en día pero muy importantes para ellos; pero a la llegada de los españoles conquistadores y colonizadores fueron desplazados por la colonización de Jerónimo Lebrón en el año de 1.536. Mas tarde en el año de 1.637 el capitán español Diego Ortiz Nieto, quien residía en la Villa de Mompox, solicito permiso al gobierno de Santa Fe para someter a los grupos indígenas en sus tribus solicitud que favoreció.

En esta excursión realizada por el territorio de Loba el capitán encontró un lugar en 1.737 a orillas del río Grande de la Magdalena, montañoso con una saliente al río, rodeada de ciénagas como la de Castañal donde deambulaban los indios; de allí fundo una población que a su regreso a la Villa le dio el nombre de San Antonio del Peñón por haber llegado el día de la muerte de San Antonio de Padua el día 13 de junio . A estas tierras la corona le dio origen y la propiedad del territorio de loba con una extensión de 84.600 hectáreas.

En 1.828 el gobernador de la provincia de Mompox, Martínez Troncoso, ordenó elaborar un censo para arreglarse el número de diputados para la convención que le correspondía a la provincia. El Peñón era una población con 221 habitantes. El día 3 de octubre de 1.851 por ordenanza 11 El Peñón cambio de nombre por Aldea Serrano, nombre que duró corto tiempo
.
En el año de l.876 por ley 144 y reformado por la ley 19 de 1.877, la Asamblea legislativa del estado soberano divide el territorio de Bolívar en 10 provincias de Mompox, se compone de los territorios de Loba con la agregación de El Peñón, Hatillo y Juana Sánchez; pero el articulo 6 de la ley 19 trasladaba a el Peñón a la cabecera Municipal de San Martín de Loba, esta distribución territorial ocasiono enfrentamientos, fue así que al elegir concejales residentes todos en San Martín de Loba, se resistieron a reunirse en el Peñón, la nueva sede del distrito. Entonces Ramón Salcedo, Gobernador de Mompox, en estos momentos remedio la situación, ordenando nuevas elecciones, regresando así a San Martín de Loba.

Pese a todos estos problemas de territorialidad el núcleo de el Peñón, continua trabajando, iniciando nuevos procesos en busca de la redención organizando un plan revolucionario encabezado por los lideres de la época para rescatar lo perdido y defenderse de las presiones de los impuestos que fueron acentuándose cada día por los gobernantes y por el marginamiento constante.

Este olvido fue notorio pasando de generación en generación y se gesta el impulso de lideres por la creación de un nuevo ente territorial autónomo, pasado 358 años se cristalizo el rescate y ascenso administrativo. Segregado del Municipio de San Martín de Loba, la honorable Asamblea Departamental crea el municipio de el Peñón, bajo la ordenanza No 042 del 30 de Noviembre de 1.995.

LA PIEDRA DEL MACUA

La Piedra del Macuá, es el nombre que se le da porque se dice que los pajaros llamados macuá anidaban en ella, tine una medida de doce a trece metros de altura.