El Municipio de Margarita está localizado en la parte central del departamento de Bolívar dentro de la llamada Isla de Mompox, esta isla está comprendida entre los brazos de Mompox y de Loba del río Magdalena. Su cabecera municipal, está ubicada en la parte norte del municipio.

Al Norte con el Brazo de Mompox (departamento de Magdalena), al Sur con Hatillo de Loba, al Este con el Brazo de Mompox y al Oeste con San Fernando.

La cabecera municipal de Margarita está limitada así: por el norte, el departamento de Magdalena; por el sur, el municipio de San Fernando y el corregimiento de Corocito; por el occidente, el municipio de San Fernando y el corregimiento de Causado y por el oriente, los corregimientos de Botón de Leyva y Sandoval.

Fundado en el año 1600 en territorio de propiedad de la señora Margarita Duran de Cogollo, quien era una momposina dueña de una gran extensión de tierras y le fue dando a sus obreros pequeñas parcelas para que construyeran sus viviendas y de esa forma se alargó el poblado; fue elevado a la categoría de municipio a través de la Ley 66 de 1882.

Se puede decir que el día 12 de octubre del año 1812, el comandante Pantaleón Germán de Ribón, rechazó al jefe de la guarnición de “El Banco” Don Esteban Fernández de León al mando de 200 hombres, cinco buques de guerra y cuatro cañones en el combate de Botón de Leyva, combate que se llevó a cabo hasta la Valerosa ciudad de Mompox, donde salió el jefe realista llevando el desengaño de la derrota. Allí en el Botón hay un busto al Padre de la Patria y otro a Santander.

El nombre de Botón de Leyva se debe a un español de apellido de Leyva quien tenía una hija según cuentan de belleza incomparable que él mismo le apodó “Botón de Rosa” y los criollos o gente del pueblo decían: Vamos a conocer y a contemplar el “Botón de Leyva”.

Cuando la guerra Colombo – Peruana salieron varios compatriotas a combatir por nuestra nación como fueron: Jesús María Noguera, Eligio Pedrozo, Arnulfo Mora, Juan Blanco, Manuel Méndez, Catalino Cortés y José Isabel Cerezo, ciudadanos que merecieron distinciones en el Batallón Nariño.

Otro hecho que marca la historia de nuestro pueblo fue en el año de 1912 cuando se quemó la iglesia parroquial que estaba construida de bahareque y palma, debido a que un espíritu estaba enamorado de una muchacha muy simpática, pero que en esa familia se decía había un encanto entre tres hermanas, motivo que le hizo no posible realizar sus propósitos, lo que le indujo a cometer muchas fechorías, dando como toque final la quema de la iglesia para luego retirarse; cuentan los bisabuelos que esa noche cuando la iglesia ardía hubo una señora Florencia Rabelo quien se acordó del patrono de nuestro pueblo “San Francisco Javier” y lo sacó en peso y lo puso a salvo, después de todo lo acaecido fueron a guardar el Santo en casa particular y tres señores no pudieron con él.
Otro suceso fue en el año 1948 cuando sucedió la pelea entre el Botón de Leyva y Margarita, porque querían instalar el Cementerio de El Botón en predios Margaritanos, perjudicando nuestra población con la contaminación del agua del “Saco” caño, de donde los habitantes del sector se tomaba el preciado líquido para subsistir.