Desde que se tiene conocimiento de esta región se sabe que siempre estuvo habitada por comunidades indígenas de diferentes etnias, pero fue a partir de la bonanza de la QUINA y EL CAUCHO, que comenzaron a llegar pobladores de otras zonas, como muchos recordaran hubo una empresa explotadora de caucho conocida como la "CASA ARANA", durante este tiempo la población indígena se vio mermada debido a los abusos y maltratos a los cuales fueron sometidos. Posteriormente en la década de 1930 se generó en conflicto armado con el vecino país de PERU, debido a que ellos querían adueñarse de parte del amazona y putumayo debido a la gran riqueza natural del CAUCHO Y LA QUINA, durante esta guerra ganó nuestro país, dejando dos héroes para la historia que fueron: "CANDIDO LEGUIZAMO" y "JOSE MARIA HERNANDEZ", debido a estos héroes el nombre que lleva el municipio y el nombre de uno de los principales colegios de la región. A partir de este conflicto se crearon puestos militares, los cuales luego se convirtieron en bases las cuales trajeron consigo oportunidades de empleo y por ende desarrollo a esta región. Posteriormente en la década de los 70, hubo otra bonanza, esta vez las pieles y la madera jugaron un papel importante para la economía de la región, trayendo gran cantidad de leñadores y cazadores a vivir a esta región. Luego en la década de los 80 se produjo el apogeo de la coca trayendo gran cantidad de personas interesadas en conseguir dinero rápido y fácil , esta época trajo mucho dinero a esta región, pero también muchos problemas de violencia. Esta es en grandes rasgos las cosas mas relevantes que pasaron, para que Leguízamo se convirtiera en el municipio que es hoy en día.

Este hermoso municipio ha sido declarado "MUNICIPIO AMBIENTAL", debido a la gran riqueza que tiene en cuanto a su fauna y flora. Dentro de él existe no de los parque naturales más grandes y hermosos del país el "PARQUE NACIONAL NATURAL LA PAYA", el cual alberga gran cantidad de especies tantos animales como vegetales entre las principales están: El delfín rosada (bufeo), gran variedad de micos (bebe leche, churuco, leoncillo, aulladores), tigre mariposa, danta, boas, muchas especies de loros, papagayos, cerdos del monte (cerrillo) y muchas especies de peces (plateado, chontaduro, bocachico, simí, bagre, paco, piralocu ente otros).