De acuerdo al libro Samaná en La Historia (José Miguel Alzate, 2001), la historia del municipio se resume de la siguiente manera.

La historia del territorio comienza con la Tribu Pantágoras, descendiente de los indios Caribes, que habitaban extensas zonas selváticas de faldas empinadas, picachos inaccesibles, cordilleras estrechas, llanuras ardiente y valles profundos que conformaban los terrenos donde ejercían su autonomía, donde la puerta de entrada era el río Guarinó, el cual se convertía en el punto de partida a su gran extensión territorial que atravesaba otros ríos como Samaná Sur, La Miel, San Carlos, Samaná Norte y Nare, hasta la cercanía del Río San Bartolomé.

Los indios Pantágoras se caracterizaban por ser guerreros, donde en defensa de sus posesiones se enfrentaban con alguna regularidad a sus vecinos los Panches, Los Gualíes y Los Colimas, los cuales eran indios valientes que se enfrentaban en combates feroces. Por lo extenso de sus territorios se les llego a llamar Nación Pantágoras, puesto que al compararlos con otras tribus como los Quimbayas y Pijaos, estos dominaban en terrenos dos o tres veces mayores.

Bajo su dinámica se formaron otros grupos como Los palenques, Los Amaníes, Samanáes (que se instalaron dentro del Municipio) y Marquetones, que se fueron asentando por todo el Oriente Caldense, incluidos parte de terrenos pertenecientes al Departamento del Tolima.

El estilo de vida de estas tribus era característico de los indios caribes, donde implementaban rituales como deformaciones en cráneo con plantillas, corte del cabello hasta los hombros, donde en ocasiones se hacían una corona inmensa en la cabeza en señal de valor, simulando a los frailes españoles que llegaron con los conquistadores. Como no cultivaban algodón, cosa que si hacían los Panches y otras tribus vecinas, la mayoría del tiempo la pasaban desnudos.

Sus viviendas eran inclinadas, las sepulturas las construían en el interior de sus casas, en donde sus muertos eran colocados en ataúdes toscos para con el tiempo ser enterrados en el momento que estuvieran secos.

Lo que variaba poco entre las diferentes tribus eran sus costumbres alimenticias. Mientras los Amaníes practicaban la antropofagia, los pantágoras propiamente dicho no gustaban de la carne humana; los amaníes suplían la falta de sal con el ají o con el agua salobre de ciertas fuentes. Complementaban su dieta con maíz, papa, fruta, verduras y plátanos; bebían chicha y un vino especial que extractaban en forma rudimentaria de la palma real; con el maíz preparaban arepas, bollos y mazamorra. Sus alimentos los preparaban en vasijas de barro que ellos mismos fabricaban en sus labores de orfebrería. Complementaban su dieta alimenticia con la caza de animales salvajes y la pesca.

Los samanáes, se diferenciaban de las otras tribus Portu organización familiar puesto que contraían matrimonio con sus mujeres bajo los ritos indígenas, pudiendo tener varias esposas. Javier Loáiza Ramírez y Fernando Murcia Vargas, sostienen en su trabajo monográfico que podían tener el número de esposas según el numero de hermanas que tuvieran.

Tanto los indios Marquetones como los Samanáes y Amaníes se identificaban en el tipo de armas que utilizaban para defenderse de los invasores. Donde era común el uso de grandes arcos que disparaban flechas envenenadas; también utilizaban macanas de chonta y hachas de piedra que llevaban siempre a la cintura. Los historiadores reconocen que los miembros de estas tribus eran tan valientes que muchas veces preferían echarse al río antes que darse por vencido.

En cuanto a sus creencias, todas las tribus que habitaron estas tierras tenían la convicción de que un ánima muy especial habitaba su corazón; le rendían culto al agua, asegurando que el diluvio universal fue obra de sus antepasados; los oficios religiosos los realizaba un Shamán que tenia poderes de brujo y conocimientos de medicina.

La colonización antioqueña es el fenómeno mas importantes que se produce en Colombia a principios del siglo XIX; el sitio donde se levanta El Municipio de Samaná, señalan que en 1807 el Virrey Antonio Armar y Borbón adjudicó una extensa zona de terreno, comprendida desde el río La Miel hacia le Norte y Occidente hasta el río Aures, a 3 habitantes del municipio de Sonsón (los Hermanos Luisa Maria, Jasón Esteban y Baltasar Ramos), concesión que comprendía los terrenos que hoy ocupan los municipios de Pensilvania, Samaná y parte de Marquetalia. Todo parece indicar que los primeros colonizadores llegaron procedentes de Sonsón aprovechando el las ventajas del Camino de Villegas.

Se ha establecido a partir del libro de Albeiro Valencia Llano (Vida Cotidiana y Desarrollo Regional en la Colonización Antioqueña), que el señor Julián Orozco fue la persona que partiendo de Manzanares, emprendió la ruta para llegar hasta Samaná.

En cuanto a la fundación de Samaná, no se sabe a ciencia cierta si los hermanos Ramos alcanzaron a llegar al territorio de lo que es hoy el municipio cuando en 1807 solicitaron a la Real Audiencia les otorgara los terrenos para cultivarlos. Lo cierto fue que apenas 7 días después de la Batalla de Boyacá, el juez poblador de Sonsón escogió a los señores Pedronel Toro y Elías Cifuentes para que dispusieran de algunas tierras de este municipio.

Los textos históricos indican que el 28 de Agosto de 1878 un señor de Miguel Murillo, minero de profesión, entró a esta región en compañía de sus hijos Juan Gregorio, Jesús María, Heliodoro y pedro; se albergaron en el lugar llamado Tasajo, donde habían rancherías de los mineros que anteriormente habían entrado.

Impresionados por la fertilidad de las tierras y sobre todo por la cantidad de oro que se advertía en el río, Miguel Murillo y sus hijos se regresaron a Pensilvania para entusiasmar a otros colonos sobre las posibilidades económicas que ofrecía la región. Fue así como lograron comprometer a Joaquín Ríos, Hilario López, Alfredo Martínez, Gregorio Soto, Juan B López y Ramón Ortiz para que los acompañara. Días después llegaron Policarpo carvajal, Cipriano Herrera Rivas, Clemente Gil, José María Betancur y Alejandro Ramírez. Una vez listos dieron comienzo a la fundación de Samaná.

El 28 de Agosto de 1878 s acordaron darle el nombre de San Agustín, en homenaje al santo de ese día. Como Samaná hacia parte de Pensilvania, dicha población no estaba de acuerdo con la fundación del poblado teniendo en cuenta las altas cantidades de oro que se extraían de los ríos Tenerife, La Miel y Samaná.

El lugar escogido para la fundación del Corregimiento de San Agustín era el apropiado: una porción grande de terreno de la Cuchilla Bellavista, ubicado entre un sector denominado Los planes y Guadualito, a poca distancia del río Tasajo. Las primeras casas que se construyeron fueron las de los señores Joaquín Ríos, Ramón Ortiz, Gregorio Murillo, Hilario López y Gregorio Soto.

Llevaba apenas doce años de vida administrativa como corregimiento de Pensilvania cuando se les ocurrió a sus pobladores elevar el pequeño caserío a la categoría de municipio. Corría entonces el año de 1896, el incremento de la población se producía porque el señor Miguel Murillo encontró, en el sitio conocido como la Bretaña, cerca de Florencia, una mina rica en oro, para explotar. Fue allí donde la gran magnitud de la explotación trajo riquezas, un crecimiento inusitado de población y movimiento intenso de comercio regional. Fue allí donde se le solicitó a la Asamblea de Antioquia su ascenso a la categoría de distrito. En la petición formulaban propuestas de los terrenos que podrían hacer parte del nuevo municipio.

El 19 de Junio de 1896, mediante ordenanza No. 06 aprobada por la Asamblea de Antioquia, fue aprobada la erección de San Agustín como nuevo municipio. El nuevo municipio inició su vida administrativa el día 27 de Agosto de 1896, dos meses después de haber sido aprobada su creación; el primer alcalde fue el señor Cipriano Herrera Rivas.

Todo parece indicar que la decisión de los dirigentes de San Agustín para hacer erigir el poblado como municipio fue apresurada, es así como dos años después se tomó la decisión de degradar el caserío a la condición de Corregimiento de Pensilvania nuevamente.10 años después se lograría la erección definitiva como municipio.

El 21 de Noviembre de 1908 asumió el nuevo párroco Daniel Maria López, el cual se constituye en uno de los personajes que dieron vida propia al nuevo municipio de Samaná siendo él la persona que logro la erección de San Agustín como municipio, el día 5 de agosto de 1908. El nombre de San Agustín, que el poblado llevo durante 52 años, era una manifestación de ese sentimiento cristiano que los colonizadores antioqueños llevaban muy arraigado en su alma.

Hasta el 26 de Abril de 1930 varios municipios cambiaron sus nombres buscando tener una relación más directa con sus antepasados, fue así como San Agustín cambio su nombre por Samaná.