El municipio de Cértegui se encuentra localizado en la región Pacífica Colombiana, en el departamento del Chocó, en la Subregión del San Juan. Tiene una extensión de 342 Km2.
Cértegui es un municipio de situado al noroeste del país, en el departamento de Chocó en la subregión de San Juan. El pueblo fue fundado por Matías Tres Palacios en 1775
Cértegui, como casi todos los pueblos del Chocó, surge inicialmente con la construcción de unas pocas casas de pajas, alrededor de un campamento minero, bajo la dirección de Matías Tres Palacios en los albores del siglo XVIII en el año 1775, quien por esas circunstancias aparece como fundador de lo que hoy es el Municipio de Cértegui.
La historia de Cértegui en parte esta ligada a dicho nombre y los apellidos Palacios, cuyo tronco principal comprende las familias: Andrés, Lucas, Juan de la Cruz , Juan Pablo, Maria Encarnación, Salvador, Francisco, Carlos, Miguel de los Santos, Jeremías, Juan José, Nepomuceno Palacios, de los cuales se han desprendido varias generaciones que se han venido cruzando hasta nuestros días. Después de 225 años de fundación.
Actualmente la población del municipio está constituida principalmente por afrochocoanos en diferentes grados de mestizaje, y en seguida están las comunidades indígenas. La población indígena y negra se localiza, la primera al lado de los ríos y la segunda sobre los ejes viales y los lados de los ríos, los cuales les sirven para establecer asentamientos e intercambiar mercancías. La vida social y cultural de los habitantes de Cértegui se desarrolla en torno a los ríos y los ejes viales.