En el muninicipio Cartagena del Chaira, cómo la gran mayoría de los muninicipios de Caquetá, compartió las luchas, penalidades y logros de los primeros forjadores de la región. Los antecedentes históricos más cercanos del municipio se remontan a 1890, cuando en algunas expedicionarios de la casa Arana llegaron al lugar y se internaron selva adentro en busca de arboles de caucho para su explotación. La riqueza cauchera eran tantas que llegaron a formarse varias compañías, las cuales luchaban con tesón por hacerse dueños de las tierras cartageneras, aunque sin recurrir a los métodos violentos que imperaban en otras zonas caucheras donde los explotadores exterminaron prácticamente a los aborígenes allí asentados y agotaron totalmente el producto mas signicativo e importante de la época.

Los habitantes del Cartagena del Chaira son colonos procedentes de la más diversos rincones del país, atraídos por la expectativas comerciales de la región. Entre esas personalidades se destaca don Isidro Pimental, a quien se le atribuye la fundación del municipio en el año de 1963. Cartagena del chaira es elevado a la categoría de municipio el 12 de noviembre de 1985 por la ordenanza N 03/85. El nombre del municipio se le dio porque en su territorio se presentaban unos paisajes con la forma de columnas que asemejaban fortaleza como las construidas por los españoles en la ciudad de Cartagena de indias.

Sus antiguos pobladores eran indígenas de la etnia Huitoto, quienes le llamaron chaira, que quiere decir cueva del tigre.
Después de la bonanza cauchera ingreso a la zona la compañía de hidrocarburo SHELL, la cual realizo exploraciones petrolíferas, retirándose más tarde, al no conseguir los resultados esperados. Sin embargo, su presencia sirvió para impulsar una ola de colonización, especialmente de campesinos del Huila, Tolima y Antioquia.

En el año de 1938 hace presencia la compañía Rusbell, para continuar con las exploraciones petrolíferas. Con la presencia de esta compañía se da un impulso al sector pesquero y se construye un camino que comunicaría a Cartagena del chaira con el municipio de la montañita. Posteriormente, y continuando la exploración de petróleo, vino la compañía Texas petroleum company, la cual permaneció en la región entre los años 1941 y 1945.

A finales de 1945 vuelve la Shell y en 1948 pone fin a sus exploraciones. En esa época se utilizaba un camino que servía de vía de acceso para la firma Lara, conocido como la trocha Lara.

A finales de los años 60, debido a los fracasos con los créditos del INCORA, llegaron prestatarios en busca de refugio en este lugar. En 1977 llegaron a la región los primeros químicos con el objeto de procesar la hoja de coca que se producía en pequeña escala. En 1978 se impulso fuertemente el cultivo de coca con una variedad de alto rendimiento, empujando a la región a un Boom Económico, que acelero la migración de muchísima personas del interior del país, que en menos de tres (3) fundaron más de 10 caseríos a orillas del Rio Caguan.

En la década del 60 se dio inicio a la construcción del primer tramo de la carretera EL paujil-Cartagena del Chaira, con recursos del INCORA, y en 1984 continuo con recursos del P.N.R,. El Batallón de Ingenieros Liborio Mejía continuo y dio término a la Virgilio Barco.

El sueño de los colonos de tener una vida mejor, consolidando sus fincas de manera productiva, fracaso debido a la falta de dinero a la poca rentabilidad de las cosechas y a los altos costos de transporte y mercado, lo cual origino la venta de mejoras. Entre 1980 1982, la voluntad de muchos colonos, campesinos e indígenas que son se habían involucrado en la siembra de la coca declino, teniendo que vender sus tierras a cultivadores de coca. En esa época todos pensaban que la bonanza coquera era eterna y no había porque preocuparse por el futuro. El derroche de dinero reemplazo la templanza del campesino y el esfuerzo familiar quedo en los almacenes y cantinas.

Hoy 22 años después de la bonanza coquera, nadie puede decir que los campesinos de esta región viven mejor que antes. En 1980 los narcos pagaban a un colono de la zona un millón de pesos, de esa época, por un kilo de pasta de coca.

La presión demográfica fue mayor en el área rural y ello trajo como consecuencia que el gobierno decretara el levantamiento de 360000 hectáreas de tierra para reserva forestal, establecido por la ley 2 de 1959 y el acuerdo 065 de 1985 expedido por la junta directiva del INDERENA.