El municipio de El Paujil está ubicado al occidente del Caquetá y al nororiente en relación con Florencia. Su área de extensión es de 1.338, 12 Km. cuadrados. Con una altura sobre el nivel del mar de 470 metros. Su temperatura promedio es de 26° centígrados. Sus límites son: al norte con el departamento del Huila y el municipio de El Doncello, al sur con los municipios de La Montañita y Cartagena del Chairá, al oriente con el municipio de El Doncello, y al occidente con el municipio de La Montañita.

El Paujil cuenta con 16.000 habitantes; 5.000 de los cuales pertenecen a la rural y los 11.000 restantes a la población urbana. Los cuales en su gran mayoría son colonos, o descendientes de colonos, venidos sobre todo del Huila, del Tolima y, en un pequeño porcentaje, de otros departamentos.

El primer año que se celebró misa en este Municipio fue en 1957, pero tan solo hasta 1959 fue creada la Parroquia bajo el nombre de Nuestra Señora de las Mercedes por los Misioneros de la Consolata, siendo el primer Párroco el Padre Iván Callone. En 1985 fue declarado Santuario Mariano Diocesano nombrándose como patrona a La Virgen de las Mercedes.

El origen del nombre “El Paujil” proviene de una ave montaraz que abundaba en el Caquetá principalmente en la zona donde se asienta el pueblo que hoy lleva su nombre.

Esta región, intermedia entre los municipios de la Montañita y El Doncello, comenzó a poblarse en forma rápida desde 1948, aunque su crecimiento más acelerado fue a partir de 1954, debido al avance del trazado de la vía de colonización que llegó a este sitio permitiendo el avance a otros municipios como Cartagena del Chaira

La idea de hacer una fundación surgió como consecuencia de la creación de El Doncello y de su pujante desarrollo. Igualmente, se buscaba canalizar el mercado de un importante grupo de colonos que empezaban a diseminarse por el norte de la Hacienda Larandia, y sin duda, se buscaba también capitalizar la ventaja de ser ellos, ahora el punto intermedio de la trocha entre Montañita y El Doncello.

Existe el cultivo de heliconias; Las Heliconias son plantas monocotiledóneas, con un crecimiento rizomatoso que emite brotes, o vástagos. Cada uno de estos está compuesto por un tallo, técnicamente llamado pseudo tallo; las hojas están compuestas por un pecíolo que es el sostén entre la hoja y el tallo y una lámina, colocadas en posición dística (en forma de disco); estas hermosas plantas se cultivan en un 75% en nuestro municipio, por lo tanto se caracteriza como nuestra flor insignia.