Sus primitivos habitantes pertenecieron a la Tribu Indígena Inga. De ellos se encuentran en la región muchos mestizos, descendientes directos y reducido número de representantes puro, los cuales se han establecido en el Fragua Grande y Yurayaco.

El incremento de la colonización tuvo origen en los crecientes conflictos entre terratenientes y campesinos en el Huila, Tolima y Viejo caldas, en desempleo creciente en el interior del país; en la reducción de los salarios en el campo y en las políticas del Estado que interesados en poblar estas tierras para reforzar las fronteras, fue capaz de remover las antiguas estructuras agrarias fundadas en el latifundio.

Fue así como surgieron varios pueblos en las puntas de colonización; comenzó entonces la ocupación intensiva de la región Andaqui. Algunos frentes de colonización se dirigieron hacia Suroriente, donde surgiría el Portal y puerto torres y hacia el sur se poblaba rápidamente el territorio. En la misma ruta, bordeando la cordillera, comenzaba la ocupación del Fragua Chorroso, el sitio que varios años después se escogería para crear el municipio de San José del Fragua.

Los campesinos expulsados por la violencia desde el Huila y Tolima encontraron refugio en el Caquetá y el Meta, “tierras de nadie” que comienzan a ser suyas a través de una paciente labor y “descuaje de monte”, no exenta de dificultades y de mas violencia, al tiempo que se reinstitucionalizan formas societarias que tendrán decisiva influencia en la vida de estas comunidades.

El 8 de octubre de 1959 el sacerdote José Fusarolly dio misa de fundación al pueblo de San José del Fragua en compañía de algunos ciudadanos. En 1961 por decreto No. 139 del 9 de agosto fue declarado como inspección de policía intendencial, en jurisdicción del Municipio de Belén de los Andaquíes. Finalmente el 12 de octubre de 1985, es elevado a la categoría de Municipio con el nombre de San José del Fragua, los cual consta en el artículo primero de la Ordenanza número 03 del mismo año. El nombre del pueblo, fue al parecer un homenaje de sus pobladores a los esfuerzos del Padre José Fusarolly.

No solo colonos provenientes de Caquetá y Putumayo han llegado a la Baja Bota Caucana también ya colonos establecidos con anterioridad en la zona han migrado internamente: en 1977 algunas familias ingas como los Jamioy y los Mutumbajoy se establecieron al occidente del resguardo de guayuyaco, fundado en la vereda la española.
Algunos se casaron con hijas de colonos mestizos.

Baja Bota Caucana, Puerto Bello: este poblado está ligado a la actividad misionera iniciada en este siglo: los frailes capuchinos, cuya sede vicarial estaba en Sibundoy (Alto Putumayo), fundaron el pueblo Belén de los Andaquíes en 1917, y a principios de 1919 construyeron una trocha desde Belén hasta Mocoa, siguiendo el piedemonte, para atravesar dicho rio fue necesario establecer lugares poblados; de ahí tal vez surge puerto bello del cauca. kjhfgjhv

Este lugar que además de cruce del rio servía a los caminantes para descansar y para asistir a la capilla. Posteriormente se convierte en sitio importante para la actividad comercial “marranera”, que requiere apoyo para cruzar en balsas y para guardar las piaras de cerdos que eran llevadas desde el centro y sur del Caquetá, hacia el mercado del putumayo.

A finales de 1986, un grupo de líderes campesinos y comunitarios forjan la idea de crear un poblado a orillas del Fragua Grande, sobre el trazado de la Marginal de la Selva. Después de señalar dos sitios provisionales, finalmente en 1989 se deciden por su actual ubicación y nombre: Puerto Bello del Caquetá. Se conforma la Junta de Acción Comunal que empieza a gestionar recursos para adelantar el derribo de bosques, el trazado de calles y la construcción de las primeras casas y escuelas; en el mismo año de fundación se logra la vinculación de entidades y programas del gobierno como PNR, la Caja Agraria y la Secretaría de Obras Publicas del Departamento del Caquetá.

La producción agropecuaria de la Baja Bota Caucana ha retomado su cauce tradicional sin desechar totalmente la coca, e incluso ha sido avanzado lentamente en la introducción del caucho en algunas de las fincas de la zona.

También se ha realizado, la exploración petrolífera en algunas veredas de la baja bota caucana, labor que se ha visto afectada por la relativa alteración del orden público.

En 1985, se conforma la vereda Brisas del Fragua entre colonos e Indígenas Ingas, sobre la rivera oriental del rio Fragua; en 1986, la veredas de la Consolata y al año siguiente la vereda el vergel, en la ribera Caucana del Caquetá. En todos los casos las veredas se conformaron para construir la escuela, organizar la junta de acción comunal, lo que les permitió a los vecinos conseguir auxilios para concluir las obras por ellos iniciadas.